АИЖК было создано правительством в 1997 году. Тогда перед агентством была поставлена задача - привлечь внебюджетные средства для развития ипотечного кредитования в России. Внебюджетные средства привлечь не удалось, и фактически АИЖК не функционировало. С 1997 по 2002 год агентство выкупило лишь около 60 кредитов.
В 2002 году была разработана основа сегодняшних стандартов выдачи ипотечных кредитов, а также сама система работы с партнерами АИЖК в регионах. По состоянию на 03 ноября 2005 года, по стандартам агентства выдано 24 899 ипотечных кредитов и рефинансировано закладных на сумму 10 853 млн. руб. В 2003 году ипотечные кредиты на вновь построенное жилье составили 3% портфеля, на жилье вторичного рынка - 97%. В 2004 году - 7% и 93%, соответственно. По стандартам АИЖК выдают ипотечные кредиты 82 организаций из 58 регионов РФ.
Основную роль, которую играет АИЖК, - рефинансирование кредитов, выданных банками-партнерами (выкупает у банков закладные). Само агентство кредиты не выдает, этим занимаются его партнеры - ипотечные операторы и банки, через которые оно и реализует свою ипотечную программу. Средства же на реализацию этой программы АИЖК берет, подобно американским ипотечным агентствам, размещая на рынке свои облигации под государственные гарантии. Пока АИЖК является единственным оператором ипотечного рынка, выкупающим кредиты у мелких первичных кредиторов.
Стоит отметить, что заемщик ни о каком АИЖК никогда не узнает и не услышит, если ему это только не интересно. Клиент непосредственно общается с банком, получает кредит в банке, все необходимые ежемесячные платежи вносит в банк.
Условия кредитования по программе АИЖК предполагают первоначальный взнос не менее 30% стоимости недвижимости. Кредиты предоставляются только в рублях на срок от 1 до 27 лет. До недавнего времени это были самые длинные кредиты на рынке. В 2002 году стандарты агентства подразумевали кредит на 20 лет под 18% годовых в рублях, в 2003 году АИЖК изменило свои стандарты, снизив ставку с 18% до 15% годовых в рублях и увеличив срок кредитования до 27 лет, а с 2005 года процентная ставка составляет 14%. Досрочное погашение кредита - частичное или полное погашение кредита - допускается после истечения 6 месяцев, считая с момента предоставления кредита. Обеспечением кредита является залог квартиры, приобретаемой на кредитные (заемные) средства. Требования к доходу заемщика - необходимо иметь постоянный источник доходов. Агентством рассматриваются только документально подтвержденные доходы заемщиков.